Il dottorato di ricerca rappresenta il più alto grado di istruzione previsto nell'ordinamento accademico italiano e fornisce le competenze necessarie per esercitare attività di ricerca di alta qualificazione presso università, enti pubblici o soggetti privati. Il percorso dura tre anni. Per accedervi è necessario essere in possesso della laurea specialistica/ magistrale o una laurea del vecchio ordinamento oppure di analogo titolo accademico conseguito all'estero, riconosciuto idoneo ai soli fini dell'ammissione. L'Ateneo incoraggia la partecipazione di studenti stranieri e i rapporti con il sistema economico-sociale e produttivo.
Dottorati nazionali
- Intelligenza artificiale - Sede amministrativa Università di Pisa
- Peace Studies - Sede amministrativa Sapienza Università di Roma
- Food Science - Sede amministrativa Università di Torino
- Earth processes and management of resources and risks for a resilient society and territory - Sede amministrativa Università degli studi di Bari "Aldo Moro"
- Sviluppo sostenibile e cambiamenti climatici - Sede amministrativa Scuola IUSS di Pavia
- Heritage Science - sede amministrativa Università di Roma La Sapienza
- Space Science and Technology (SST) - Sede amministrativa Università di Trento
- Studi religiosi - Sede amministrativa Università di Modena e Reggio Emilia
- Theoretical and Applied Neuroscience - Sede amministrativa Università di Camerino
- Scienze Polari - Sede Amministrativa Università Ca’ Foscari di Venezia - Bando ITA e Bando ENG
- Scienze Motorie e Sportive - Sede Amministrativa Università degli studi di Verona
- Innovazione nella diagnosi, prevenzione e terapia delle infezioni a rischio epidemico-pandemico - Sede Amministrativa Università degli studi di Siena
- Scienze fisiche, chimiche, matematiche e biologiche
- Scienze giuridiche, economiche e politico-sociali
- Scienze ingegneristiche ed informatiche
- Scienze mediche, farmaceutiche e veterinarie
- Scienze umanistiche
Scienze fisiche, chimiche, matematiche e biologiche
- Biochemistry and molecular Biology - Dottorato in forma associata con: Università degli Studi di Siena, Università degli Studi di Firenze, Istituto di Fisiologia Clinica del Consiglio Nazionale delle Ricerche, l'Università di Pisa. Sede amministrativa: Università degli Studi di Siena
- Biologia
- Fisica - in collaborazione con l’Istituto Nazionale di Fisica Nucleare (INFN). Sede amministrativa: Università di Pisa
- Geoscienze e ambiente
- Matematica
- Scienze agrarie, alimentari e agro-ambientali
- Scienze chimiche e dei materiali
- Scienze della Vita - Dottorato in forma associata con: Università degli Studi di Siena, Istituto Nazionale di Geofisica e Vulcanologia, Università di Pisa. Sede amministrativa: Università degli Studi di Siena
Scienze giuridiche, economiche e politico-sociali
- Economia Aziendale e Management - Dottorato in forma associata con: Università degli Studi di Siena, l'Università degli Studi di Firenze, Università di Pisa. Sede amministrativa: Università di Pisa
- Economics - Dottorato in forma associata con: Università degli Studi di Firenze, Università degli Studi di Siena, Università di Pisa. Sede amministrativa: Università degli Studi di Siena
- Scienze giuridiche
- Scienze politiche
Scienze ingegneristiche ed informatiche
- Analisi e Controllo di Strutture e Opere Arte Infrastrutturali - Dottorato industriale con Scuola Superiore S. Anna di Pisa, Engineering Ingegneria Informatica S.p.A., Satap S.p.A. e Autostrada dei Fiori S.p.A.
- Civil and Environmental Engineering - Dottorato in forma associata con: Università degli Studi di Firenze, Università di Pisa. Sede amministrativa Università degli Studi di Firenze
- Informatica - Dottorato in forma associata con: Università degli Studi di Siena, Università degli Studi di Firenze; Università di Pisa. Sede amministrativa Università di Pisa
- Ingegneria dell'energia, dei sistemi, del territorio e delle costruzioni
- Ingegneria dell'informazione
- Ingegneria industriale
- Smart computing - Dottorato in forma associata con: Università degli Studi di Siena, Università degli Studi di Firenze, Università di Pisa. Sede amministrativa: Università degli Studi di Firenze
- Smart Industry - Dottorato in forma associata con Università degli Studi di Firenze e l’Università degli Studi di Siena. Sede amministrativa Università di Pisa
Scienze mediche, farmaceutiche e veterinarie
- Fisiopatologia clinica
- Genetica, Oncologia e Medicina Clinica - Dottorato in forma associata con: Università degli Studi di Siena, Università degli Studi di Firenze, Istituto di Fisiologia Clinica del Consiglio Nazionale delle Ricerche, Università di Pisa. Sede amministrativa Università degli Studi di Siena
- Medicina molecolare - Dottorato in forma associata con: Università degli Studi di Siena, Università degli Studi di Firenze, Università di Pisa. Sede amministrativa: Università degli Studi di Siena
- Neuroscienze - Dottorato in forma associata con Università degli Studi di Firenze, Università degli Studi di Siena, Università di Pisa. Sede amministrativa: Università degli Studi di Firenze
- Scienza del farmaco e delle sostanze bioattive
- Scienze cliniche e traslazionali
- Scienze della Vita - Dottorato in forma associata con Università di Pisa, Università degli Studi di Siena, Istituto Nazionale di Geofisica e Vulcanologia, Università di Pisa. Sede amministrativa Università degli Studi di Siena
- Scienze veterinarie
- Arterial Hypertension and Vascular Biology (ARHYVAB) - Dottorato in forma associata con Università di Pisa, “Sapienza” Università di Roma, Università di Padova. Sede amministrativa Università di Padova
Scienze umanistiche
- Discipline linguistiche e letterature straniere
- Filologia e Critica - Dottorato in forma associata con: Università degli Studi di Siena, Università di Pisa, Università per stranieri di Siena, Istituto Opera del Vocabolario Italiano del Consiglio Nazionale delle Ricerca. Sede amministrativa: Università degli Studi di Siena
- Filosofia - Dottorato in forma associata con: Università di Firenze, Università di Pisa. Sede amministrativa: Università di Pisa
- Scienze dell'antichità e archeologia - Dottorato in forma associata con: Università degli Studi di Siena, Università degli Studi di Firenze, Università di Pisa. Sede amministrativa: Università di Pisa
- Storia
- Storia delle arti e dello spettacolo - Dottorato in forma associata con: Università degli Studi di Firenze, Università degli Studi di Siena, Università di Pisa. Sede amministrativa: Università degli Studi di Firenze
- Studi italianistici
- Studi di Traduzione - Dottorato in forma associata con: Università degli Studi di Siena, Università di Pisa, Università per stranieri di Siena. Sede amministrativa: Università per stranieri di Siena