Il dottorato di ricerca rappresenta il più alto grado di istruzione previsto nell'ordinamento accademico italiano e fornisce le competenze necessarie per esercitare attività di ricerca di alta qualificazione presso università, enti pubblici o soggetti privati. Il percorso dura tre anni. Per accedervi è necessario essere in possesso della laurea specialistica/ magistrale o una laurea del vecchio ordinamento oppure di analogo titolo accademico conseguito all'estero, riconosciuto idoneo ai soli fini dell'ammissione. L'Ateneo incoraggia la partecipazione di studenti stranieri e i rapporti con il sistema economico-sociale e produttivo.
- Scienze fisiche, chimiche, matematiche e biologiche
- Scienze giuridiche, economiche e politico-sociali
- Scienze ingegneristiche ed informatiche
- Scienze mediche, farmaceutiche e veterinarie
- Scienze umanistiche
Scienze fisiche, chimiche, matematiche e biologiche
- Biologia
- Fisica
- Matematica
- Scienze agrarie, alimentari e agro-ambientali
- Scienze chimiche e dei materiali
- Scienze della terra - dottorato regionale Pegaso con sede amministrativa Università di Firenze
- Biochimica e biologia molecolare - dottorato regionale Pegaso con sede amministrativa Università di Siena
- Scienze della Vita - dottorato regionale Pegaso con sede amministrativa Università di Siena
Scienze giuridiche, economiche e politico-sociali
- Scienze giuridiche
- Scienze politiche
- Economia Aziendale e Management - dottorato regionale Pegaso con sede amministrativa Università di Pisa
- Economics - dottorato regionale Pegaso con sede amministrativa Università di Siena
- Political Science, European Politics and International Relations - dottorato regionale Pegaso con sede amministrativa Scuola superiore di studi universitari S. Anna
- Data Science - in convenzione con sede amministrativa Scuola Normale Superiore
Scienze ingegneristiche ed informatiche
- Ingegneria dell'energia, dei sistemi, del territorio e delle costruzioni
- Ingegneria dell'informazione
- Ingegneria industriale
- Informatica - dottorato regionale Pegaso con sede amministrativa Università di Pisa
- Data Science - dottorato in convenzione con sede amministrativa Scuola Normale Superiore
- Civil and Environmental Engineering - dottorato regionale Pegaso con sede amministrativa Università di Firenze
- Ingegneria industriale - dottorato regionale Pegaso con sede amministrativa Università di Firenze
- Smart computing - dottorato regionale Pegaso con sede amministrativa Università di Firenze
Scienze mediche, farmaceutiche e veterinarie
- Fisiopatologia clinica
- Scienza del farmaco e delle sostanze bioattive
- Scienze cliniche e traslazionali
- Scienze veterinarie
- Neuroscienze - dottorato regionale Pegaso con sede amministrativa Università di Firenze
- Genetica, Oncologia e Medicina Clinica - dottorato regionale Pegaso con sede amministrativa Università di Siena
- Medicina molecolare - dottorato regionale Pegaso con sede amministrativa Università di Siena
- Scienze della Vita - dottorato regionale Pegaso con sede amministrativa Università di Siena
Scienze umanistiche
- Filologia letteratura e linguistica
- Storia
- Scienze dell'antichità e archeologia - dottorato regionale Pegaso con sede amministrativa Università di Pisa
- Studi italianistici - dottorato regionale Pegaso con sede amministrativa Università di Pisa
- Storia delle arti e dello spettacolo - dottorato regionale Pegaso con sede amministrativa Università di Firenze
- Filologia e Critica - dottorato regionale Pegaso con sede amministrativa Università di Siena
- Filosofia - in convenzione con sede amministrativa Università di Firenze
